| 線路名 | 起点 | 終点 | 経過地名 |
|---|---|---|---|
| 熊本大分線 | 熊本市新南千反畑町 | 県界阿蘇郡波野村 | 菊池郡大津町 阿蘇郡宮地町 |
| 熊本宮崎線 | 熊本市新南千反畑町 | 県界阿蘇郡馬見原町 | 熊本市迎町 上益城郡大島村 御船町 浜町 |
| 熊本高瀬線 | 熊本市新南千反畑町 | 玉名郡高瀬町 | 鹿本郡植木町 木葉停車場 玉名郡木葉村 |
| 熊本三角線 | 熊本市新南千反畑町 | 宇土郡三角町 | 下益城郡松橋町 宇土郡松合村 |
| 熊本八代線 | 熊本市新南千反畑町 | 八代郡八代町 | 八代郡太田郷村 八代停車場 |
| 熊本本渡線 | 熊本市新南千反畑町 | 天草郡本渡町 | 宇土郡三角町 天草郡登立村 中村 今津村 教良木河内村 楠浦村 |
| 熊本隈府線 | 熊本市新南千反畑町 | 菊池郡隈府町 | 飽託郡黒髪村 菊池郡西合志村 泗水村 |
| 熊本南関線 | 熊本市新南千反畑町 | 玉名郡南関町 | 鹿本郡山東村 玉名郡江田村 |
| 熊本木山線 | 熊本市新南千反畑町 | 上益城郡木山町 | 飽託郡出水村 上益城郡秋津村 |
| 南関荒尾線 | 玉名郡南関町 | 玉名郡荒尾町 | 玉名郡賢木村 万田停車場 |
| 南関若津港線 | 玉名郡南関町 | 県界玉名郡南関町 | |
| 高瀬大牟田線 | 玉名郡高瀬町 | 県界玉名郡荒尾町 | 玉名郡長洲町 |
| 南関三池線 | 玉名郡南関町 | 県界玉名郡賢木村 | |
| 植木隈府線 | 鹿本郡植木町 | 菊池郡隈府町 | 鹿本郡吉松村 菊池郡菊池村 |
| 山鹿高瀬線 | 鹿本郡山鹿町 | 玉名郡高瀬町 | 玉名郡玉名村 江田村 |
| 山鹿南関線 | 鹿本郡山鹿町 | 玉名郡南関町 | 鹿本郡平小城村 |
| 大津隈府線 | 菊池郡大津町 | 菊池郡隈府町 | 菊池郡護川村 戸崎村 |
| 隈府山鹿線 | 菊池郡隈府町 | 鹿本郡山鹿町 | 鹿本郡来民町 |
| 大津内牧線 | 菊池郡大津町 | 阿蘇郡内牧町 | 阿蘇郡永水村 |
| 大津高森線 | 菊池郡大津町 | 阿蘇郡高森町 | 菊池郡瀬田村 阿蘇郡長陽村 白水村 |
| 内牧北小国線 | 阿蘇郡内牧町 | 阿蘇郡北小国村 | 阿蘇郡南小国村 |
| 北小国日田線 | 阿蘇郡北小国村 | 県界阿蘇郡北小国村 | |
| 北小国森線 | 阿蘇郡北小国村 | 県界阿蘇郡北小国村 | |
| 内牧宮地線 | 阿蘇郡内牧町 | 阿蘇郡宮地町 | 阿蘇郡山田村 |
| 宮地高森線 | 阿蘇郡宮地町 | 阿蘇郡高森町 | 阿蘇郡色見村 |
| 内牧浜町線 | 阿蘇郡内牧町 | 上益城郡浜町 | 阿蘇郡尾ヶ石村 長陽村 白水村 上益城郡名連川村 |
| 高森三田井線 | 阿蘇郡高森町 | 県界阿蘇郡草部村 | 阿蘇郡柏村 |
| 木山大津線 | 上益城郡木山町 | 菊池郡大津町 | 上益城郡白水村 菊池郡陣内村 |
| 木山御船線 | 上益城郡木山町 | 上益城郡御船町 | 上益城郡飯野村 |
| 甲佐西砥用線 | 上益城郡甲佐町 | 下益城郡西砥用村 | 下益城郡年祢村 |
| 松橋浜町線 | 下益城郡松橋町 | 上益城郡浜町 | 下益城郡中山村 西砥用村 上益城郡下矢部村 |
| 宮原鏡線 | 八代郡宮原町 | 八代郡鏡町 | 有佐停車場 |
| 水俣大口線 | 芦北郡水俣町 | 県界芦北郡久木野村 | |
| 人吉日奈久線 | 球磨郡人吉町 | 芦北郡日奈久町 | 球磨郡渡村 一勝地村 芦北郡吉尾村 百済来村 二見村 |
| 人吉宮原線 | 球磨郡人吉町 | 八代郡宮原町 | 球磨郡大村 四浦村 五木村 八代郡河俣村 |
| 人吉加久藤線 | 球磨郡人吉町 | 県界球磨郡藍田村 | |
| 人吉多良木線 | 球磨郡人吉町 | 球磨郡多良木村 | 球磨郡藍田村 免田村 |
| 多良木下穂北線 | 球磨郡多良木村 | 県界球磨郡湯前村 | |
| 本渡牛深線 | 天草郡本渡町 | 天草郡牛深町 | 天草郡亀湯村 宮地岳村 新合村 早浦村 |
| 松尾熊本線 | 飽託郡松尾村 | 熊本市新南千反畑町 | 飽託郡春日町 |
| 松尾高瀬線 | 飽託郡松尾村 | 玉名郡高瀬町 | 玉名郡伊倉町 |
| 鞍岡高森線 | 県界阿蘇郡馬見原町 | 阿蘇郡高森町 | |
| 野尻竹田線 | 阿蘇郡野尻村 | 県界阿蘇郡野尻村 | |
| 河内高森線 | 県界阿蘇郡野尻村 | 阿蘇郡高森町 | 阿蘇郡草部村 |
| 荻段水俣線 | 県界芦北郡水俣町 | 芦北郡水俣町 | |
| 島子本渡線 | 天草郡島子村 | 天草郡本渡町 | 天草郡志柿村 |
| 島子三角線 | 天草郡島子村 | 宇土郡三角港 | 天草郡赤崎村 蛤港 登立村 |
| 長洲港線 | 玉名郡長洲町 | 玉名郡長洲港 | |
| 八代港線 | 八代郡八代町 | 八代郡八代港 | |
| 佐敷計石港線 | 芦北郡佐敷町 | 芦北郡計石港 | 水俣港線 |
| 水俣港線 | 芦北郡水俣町 | 芦北郡水俣港 | |
| 本渡富岡港線 | 天草郡本渡町 | 天草郡富岡港 | 天草郡城河原村 二江村 志岐村 |
| 富岡崎津港線 | 天草郡富岡町 | 天草郡崎津港 | 天草郡志岐村 下津深江村 高浜村 大江村 |
| 長洲停車場線 | 玉名郡長洲町 | 長洲停車場 | |
| 植木停車場線 | 鹿本郡植木町 | 植木停車場 | |
| 古京町上熊本停車場線 | 熊本市古京町 | 上熊本停車場 | |
| 本妙寺上熊本停車場線 | 飽託郡花園村 | 上熊本停車場 | |
| 古京町熊本停車場線 | 熊本市古京町 | 熊本停車場 | 熊本市新町明八橋 |
| 大江熊本停車場線 | 飽託郡大江村 | 熊本停車場 | |
| 川尻停車場線 | 飽託郡川尻町 | 川尻停車場 | |
| 松橋停車場線 | 下益城郡松橋町 | 松橋停車場 | |
| 小川停車場線 | 下益城郡小川町 | 小川停車場 | 下益城郡河江村 |
| 挿木白石停車場線 | 芦北郡佐敷町 | 白石停車場 | 芦北郡大野村 |
| 人吉停車場線 | 球磨郡人吉町 | 人吉停車場 | |
| 熊本春竹停車場線 | 熊本市南千反畑町 | 春竹停車場 | |
| 熊本水前寺停車場線 | 熊本市南千反畑町 | 水前寺停車場 | 熊本市南千反畑町 明午橋 飽託郡大江村 |
| 大津停車場線 | 菊池郡大津町 | 肥後大津停車場 | |
| 立野停車場線 | 阿蘇郡長陽村 | 立野停車場 | |
| 内牧停車場線 | 阿蘇郡内牧町 | 内牧停車場 | |
| 宮地停車場線 | 阿蘇郡宮地町 | 宮地停車場 | |
| 御船停車場線 | 上益城郡御船町 | 御船停車場 |